BB染色体组野生种花生LTR反转录转座子RT基因的多样性分析

熊发前; 刘菁; 韩柱强; 阳太亿; 唐秀梅; 唐荣华; 钟瑞春; 蒋菁; 贺梁琼; 吴海宁; 黄志鹏; 刘俊仙

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利用简并PCR技术从野生花生种(Arachis ipaensis Krapov.et W.C.Greg.)的基因组中扩增分离Ty1-copia类(1类)和Ty3-gypsy类(2类)反转录转座子RT基因,并对其序列特征、多样性、系统进化关系及转录活性进行分析。结果显示:对于1和2类RT基因,目的条带分别约为260和430 bp;分离获得了23和32条序列,长度范围分别为262~266、395~435 bp;AT所占比例分别为61.60%~69.17%和55.79%~61.34%;核苷酸序列间相似性分别为52.5%~98.9%和45.0%~98.8%,氨基酸序列间相似性分别为39.8%~100%和9.0%~97.2%。其中2类基因的异质性高于1类;1类和2类基因分别有3条和15条发生了无义突变,2类的无义突变发生率远高于1类。1类基因的保守基序保守性较高,2类的保守基序呈一定程度的变异。代表序列的蛋白质三级结构基本类似。聚类分析结果显示,1类和2类基因可被分为5个和6个家族。1类和2类基因都有部分序列与其他物种的RT基因序列亲缘关系较近,表明它们之间可能存在两类反转录转座子的横向传递。通过比对花生EST数据库,本研究发现1类有1条以及2类有7条序列为具有转录活性的反转录转座子,且2类基因比1类更具有转录活性。

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来源
《植物科学学报》 |2022年第1期|54-65|共12页
作者
熊发前; 刘菁; 韩柱强; 阳太亿; 唐秀梅; 唐荣华; 钟瑞春; 蒋菁; 贺梁琼; 吴海宁; 黄志鹏; 刘俊仙;
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作者单位

广西农业科学院经济作物研究所;

广西农业科学院甘蔗研究所;

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正文语种 chi
中图分类植物基因工程;
关键词
花生; 野生种; LTR反转录转座子; 反转录酶; 多样性;

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