甘薯基因组TCP转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

毕楚韵; 黄小芳; 王和寿; 陈其俊; 胡韵卓; 黄碧芳; 许明; 杨志坚; 陈选阳; 林世强

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基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN)8个、ClassⅡ(CYC/TB1)6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15~60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。

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来源
《植物科学学报》 |2021年第2期|P.163-171|共9页
作者
毕楚韵; 黄小芳; 王和寿; 陈其俊; 胡韵卓; 黄碧芳; 许明; 杨志坚; 陈选阳; 林世强;
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作者单位

福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002福建农林大学农学院福州350002;

福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002福建农林大学农学院福州350002;

宁德市农业农村局福建宁德352100;

福建省种子总站福州350003;

福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002;

福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002;

福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002福建农林大学农学院福州350002;

福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002福建农林大学农学院福州350002;

福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002福建农林大学农学院福州350002福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002;

福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002福建农林大学生命科学学院福州350002;

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正文语种 chi
中图分类植物基因工程;
关键词
甘薯; TCP; 转录因子; 生物信息学;

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